Сочинения Оригена, послужившие причиной спора между Иеронимом и Руфином, не замедлили произвести свое действие и в Египте. Скефейские и Нитрийские пустынники, изгнанные Александрийским патриархом Феофилом, за их предполагаемую приверженность оригенству, посетили Иерусалим и поселились в окрестностях Скифополя. Изобилие пальм давало материал для плетения корзин, продажей которых они поддерживали свое, полное лишений, существование. Но ненависть Феофила преследовала их даже тут, и пустынники принуждены были отправиться в Константинополь, искать правосудия и императора.
Константинопольский патриарх св. Иоанн Златоуст стал ходатайствовать за них, но его настояния лишь раздражали Феофила, который, заручившись содействием императрицы Евдокии, обвинил его самого перед Акакием. Св. Иоанн был послан в изгнание. Это несправедливое преследование пробудило в Палестине всеобщее сочувствие изгнаннику и Иерусалимский епископ, открыто ставший за него, с такой энергией восстал против его обвинителей, что св. Иоанн Златоуст воздал ему всенародно благодарность за сочувствие к его участи.
Св. Нил, в резком послании к императору, требовал возвращения св. Иоанна Златоуста, но получил отказ. Впрочем, вскоре скорби побудили императора обратиться с молениями к пустыннику. Внезапная кончина императрицы Евдокии, злейшего врага св. Иоанна Златоуста, пожар от молнии, испепелившей значительную часть Константинополя, град, опустошивший всю область, и частые землетрясения произвели сильное впечатление на Феофила. Св. Нил отвечал указом, укоряя в сильных выражениях императора за несправедливое изгнание Константинопольского епископа.
В эти времена смут и набегов пустынники не более императоров были в безопасности. Сарацины, незадолго перед тем избившие Феокийских пустынников, появились перед Синаем, куда только что с похорон Павлы вернулись из Вифлеема иноки. В виду внезапного нападения они не успели скрыться в башне, служившей им защитой, и были перебиты или уведены в рабство. Некоторым из этих последних, и в том числе, как полагают, св. Нилу, была возвращена свобода. Они поспешили укрыться на вершине Синая, к которой боялись, по словам св. Нила, подступить сарацины. Они верили, что на высотах Синая обитало величие Божие.
Несколько времени спустя Сарацины произвели опустошительный набег в Палестину и едва не захватили Иеронима и его монастырь. Почти одновременно чума и саранча еще более сарацин опустошили Палестину. Сельские жители, умирая от голода, толпой стекались к монастырям и пустынникам, которые сами были доведены до крайности. Среди других, на помощь бедствующим пришел св. Ексуперий, Тулузский епископ, пославший с подаянием в Палестинские монастыри своего диакона Сизина и которому в благодарность за его помощь блаженный Иероним посвятил свои толкования на книгу пророка Захарии.
