4 марта 1526 года архимандрит Макарий поставляется на самую древнюю архиерейскую кафедру Московской митрополии — Великий Новгород и Псков. Хиротония святителя совершалась в Успенском соборе Московского Кремля. 29 июля того же года приехал архиепископ Макарий на свою Новгородскую кафедру, которая находилась без епископа, по словам летописца, 17 лет и 7 недель. Обстановка была здесь весьма неустроенной и неприглядной. С заботой о новгородской пастве он посылает иеромонаха Илию в Вотскую пятину. Во врученной Илие грамоте повелевалось разорять языческие требища, прекращать языческие обряды и кропить все освященной водой. Эта грамота поистине есть «памятник апостольских трудов Макария для распространения света Христова между оставшимися язычниками».

 Святитель Макарий начинает широкую миссионерскую деятельность среди соседствовавших с Новгородской землей северных народов. Он неоднократно посылает туда священников-миссионеров, в числе которых трудились и преподобный Трифон Печенгский (+ 1583; память 15/28 декабря) и Феодорит Кольский. Кроме  благословения на проповедь среди язычников, каждый миссионер получал грамоту, антиминс, священные сосуды и книги.

На второй год своего архиерейского служения (1528 г.) святитель Макарий, следуя уставу преподобных Пафнутия Боровского и Иосифа Волоцкого, а также исполняя постановление Московского Собора 1503 года, предпринимает решение об устроении единообразного иноческого общежитийного устава всем новгородским монастырям.

 Большую заботу проявил святитель и о создании храмов в своей епархии. Он украшает кафедральный Софийский собор новыми иконами. Дополняет иконостас праотеческим рядом, новыми царскими вратами и богато украшенной завесой, а также устраивает искусной работы амвон. С внешней стороны на соборе были написаны образы Святой Троицы и Софии Премудрости Божией «на поклонение всем православным христианам». Всего при святителе Макарии только в Новгороде строятся, перестраиваются, вновь украшаются после пожаров около сорока храмов. Каждый из них снабжался  книгами, утварью и сосудами из мастерских, учрежденных святителем.

 Вопрос снабжения храмов книгами стоял перед архиепископом Макарием очень строго, ибо в то время в церковном быту существовало очень много различных житийных списков и их редакций. Святитель Макарий в 1529 году принимает на себя великий труд собирания и систематизации русского календарного агиографического года и сведение его в единый корпус Четьи-Миней. Этот труд у святителя занял 12 л

 Особое внимание уделял святитель Макарий составлению житий и установлению памяти местно чтимых святых. По его благословению племянник Иосифа Волоцкого инок Досифей Топорков работает над исправлением Синайского Патерика, составляет Волоколамский Патерик и Хронограф. В период новгородского архипастырства по повелению святителя Макария составляется Новгородский летописный свод, ведшийся из года в год при храме Святой Софии.