Получив еще в монастыре опыт иконописания и сам будучи «иконником искусным», свт. Макарий поновляет великую святыню Новгородской земли — икону Божией Матери «Знамение». В 1528 году «поновил святитель икону “Знамения” Пречистой, ибо от многа лет она обветшала сильно. После окончания работы проводил с честью сам преосвященный архиепископ Пречистую Богородицу с крестным ходом при стечении большого количества новгородцев в храм Пресвятой Богородицы».

 Во время приключившихся в Великом Новгороде народных бедствий — мора и засухи — архиепископ созывает клир и сам служит молебны с чином омовения мощей и затем велит кропить водой в окрестностях. После этого мор прекратился. 

С великой заботой обращается святитель со своей паствой, одинаково относясь к бедным и богатым, малым и великим. Он сам хоронит сгоревших в тюрьме во время пожара. Собирает у молящихся деньги для выкупа соотечественников у татар. Посылает великому князю часть свечи от мощей преподобного Варлаама Хутынского, чудесным образом возгоревшейся ночью. Поет молебны по случаю победы над татарами. Таким житием он приобретает великую любовь у своих пасомых чад. Преподобный Александр Свирский (+ 1533; память 30 августа/12 сентября), монастырь которого находился во владении святителя Макария, умирая, сказал братии: «Кого Бог восхочет, да архиепископ Макарий благословит, тот да будет вам игумен вместо меня».

 В 1542 году в Русской Церкви встал вопрос об избрании на освободившуюся Московскую кафедру нового митрополита. Усмотрением Божиим выбор пал на Новгородского владыку. Ко времени избрания святителя Макария на престол Московских чудотворцев Петра, Алексия и Ионы ему было около 60 лет.