После пожара началось восстановление Москвы. Строились новые церкви. Святитель Макарий сам освящал храмы. Он рассылал грамоты с повелением строить храмы и в других городах: в Костроме, в Тихвине, в Пскове. Святитель заботится о каждом человеке, милостиво относится к отдельным, даже заблудшим, чадам Церкви.

 Так, однажды в Успенском соборе после вечернего богослужения некто «вражьим научением умысли кражу сотворить, но чудесным образом он не смог этого сделать. Утром его обнаружили. Когда пришел преосвященный Макарий, митрополит всея Руси, ему рассказали о том, как вора застали в церкви, и о всем, что приключилось в той великой церкви. Макарий же митрополит не велел ему никакого зла делать, но повелел без вреда из церкви извести его вон. 

Земские судьи, желая взять его и по закону судить, на митрополита роптали, говоря, что он отпустил злодея, не судив его сам и городским судьям на передав. Макарий же митрополит строго запретил им всем, да не судят его вообще. И послал стража церковного, чтобы тот проводил вора за пределы города безопасно. 

Вор тот, придя на Кулишки к церкви Всех святых, стал ходить там и тут с неистовым взором. Потом же начал неистово кричать и так крича умер. Некоторые роптали на митрополита и на ключников, что так просто отпустили вора церковного. Макарий же на них не досадовал, а тело умершего повелел предать погребению».

 24 февраля 1549 года был Собор, созванный митрополитом Макарием, осудивший еретика Исаака Собаку, архимандрита Чудова монастыря.