В 1551 году, 23 февраля, в Москве в царских палатах начал работу другой Собор, созванный митрополитом, — знаменитый Стоглав. Собор возглавлял святитель Макарий в присутствии восьми архиереев, множество архимандритов и игуменов. Вопросы, которых касался Собор, были самые разные: это и внешность христианина, и его поведение, и церковное благочиние и дисциплина, церковная иконопись, духовное просвещение и многие другие. 

Последнее было особенно важно для святителя Макария. Он повелевает протопопу из храма Спаса на Бору написать книгу о Святой Троице, житие епископа Василия Рязанского и переделать Пасхалию. По инициативе митрополита Макария составляется десятитомный «Лицевой летописный свод» (в нем до 16 тысяч миниатюр) и «Степенная книга царского родословия», составленная по повелению Макария в 1555—1563 гг. царским духовником, протопопом Благовещенского собора Андреем (в постриге Афанасий). 

 При митрополите Макарии начинается в Русском государстве печатание книг. Еще в 1553 году на Соборе, касавшемся дела о ереси Матфея Башкина, встал вопрос об издании выверенных книг, ибо еретики часто ссылались на испорченные книги, в частности, на Апостол.

 7 октября 1555 года святителем Макарием была освящена церковь святителя Николая Гостунского в Кремле. Клириком этой церкви был Иван Федоров — первый русский книгопечатник. Первый Апостол вышел более чем за полгода до кончины святителя, а в вышедшем после его смерти Часослове (1565 г.) упоминается о его участии: «Благословением преосвященного Макария, митрополита всея Руси, составися сия штанба сиречь печатных книг дело во царствующем граде Москве».

 3 февраля 1555 года святитель Макарий хиротонисает на новую Казанскую кафедру святителя Гурия. В этом же году приносится в Москву на праздник Петра и Павла чудотворная икона святителя Николая Великорецкого. Промыслом Божиим было суждено митрополиту поновлять эту великую святыню земли Русской. «И обновлял образ Николы Чудотворца сам Макарий митрополит, бе бо иконному писанию навычен, со многим желанием и верою, постом и молитвою».