Преподобный Дионисий направился вдоль восточной стороны Кубенского озера. Пройдя 15 верст, он вдруг услышал как бы отдаленный колокольный звон. Преподобный Дионисий устремился на звук и вскоре вышел к крутому берегу реки Глушицы — месту безлюдному, окруженному лесной чащей. Поняв, что таким образом ему было указано, где он должен продолжить свой духовный подвиг, преподобный Дионисий водрузил крест, который он нес из Святой Луки. После благодарственной молитвы он принялся за сооружение келлии, выбрав для нее место под цветущем черемуховым кустом (после кончины преподобного ягоды этого дерева давали исцеление страждущим).

И на новом месте подвигов преподобный Дионисий продолжал строгий образ монашеской жизни. Однажды в Глушицкую пустыньку зашел старец-монах. Он с радостью согласился на предложение святого Дионисия разделить с ним пустынножительство. Через некоторое время к ним присоединились еще несколько собратий. Постепенно вокруг преподобного Дионисия собралось такое количество иноков, что возникла мысль об устроении монастыря.

Владевший землей вдоль Кубенского озера удельный князь заозерский Димитрий Васильевич с радостю откликнулся на благочестивую просьбу старца помочь в устроении обители. Им были присланы работники, вырубившие и расчистившие лесную чащу. Чтобы получить необходимое архипастырское благословение, преподобный Дионисий в 1402 году вновь направился в Ростов Великий.

Архиепископ Ростовский Григорий благословил подвижника на строительство храма и устроение обители, советовал также ввести в ней общежительный устав, «чтобы никому ничего не называть своим, а все иметь общим, как жили при апостолах». По возвращении преподобный Дионисий и братия с помощью княжеских плотников принялись за сооружение небольшого деревянного храма в честь Покрова Пресвятой Богородицы, которое было закончено в 1403 году. 

Постепенно Глушицкая обитель, руководимая опытным и мудрым подвижником благочестия, стала привлекать к себе большое количество богомольцев, странников, нищих. Многие, слыша о его ангельской жизни, приходили в обитель, чтобы насладиться его лицезрением и душеполезными беседами. Часто посетители приносили с собой и обильные подаяния, которые преподобный, принимал с благодарностью. Если бы не было на то воли Божией, то не только никто не стал бы ничего приносить и жертвовать на строение монастыря, но и не пришел бы к ним на Глущицу (в глухую пустыню не по названию).