Преподобный направился в обитель Пахомия близ озера Кено, не взяв с собой даже другой смены одежды. Верст за пять до обители его застигла ночь. Святой стал усердно просить Господа, чтобы Он указал ему путь, и после молитвы заснул. Во сне явился ему благолепный муж в светлых ризах, с крестом в руках и сказал: «Возьми крест свой и не бойся вступить на подвиг твой. Подвизайся и не страшись козней диавольских, ибо ты будешь муж желаний духовных и явишься наставником множества иноков». Осенив его крестом, дивный муж сказал еще: «Сим побеждай лукавых духов».

 Святой тотчас же пробудился. Сердце его было исполнено духовной радости. Всю остальную ночь он провел в молитве. Наутро, войдя в обитель прп. Пахомия, он припал к ногам благочестивого основателя и начальника Кенской обители и с великим смирением просился в число иноков. Пахомий указывал на трудность иноческой жизни, говорил, что обитель его недавно основана, но ничто не могло удержать избранника Божия. Прозревая в пришедшем будущего подвижника, Пахомий принял Андрея в число иноков и облек в иноческие одежды, причем нарек его Антонием в честь прп. Антония Великого (память 17/30 января). Это произошло в 1508 году, когда прп. Антонию было 30 лет. 

Сам Пахомий стал руководить новоначальным иноком, взяв его в свою келлию. Новый инок прежде всех являлся в храм Божий, постоянно хранил в своем сердце память о Страшном суде и о будущем нелицеприятном возмездии. Отличаясь крепким здоровьем, он охотно исполнял самые трудные работы, занимался земледелием, трудился на поварне, усердно работая на братию. Телесным трудом преподобный умерщвлял свою плоть и тем очищал свою душу. Сильно он боролся с наваждениями злых духов и всегда побеждал их. Спал он крайне мало, соблюдал строгий пост, пищу вкушал через день и то помалу. За такую подвижническую жизнь вся братия относились к нему с любовью и уважением. Но великий своим смирением, святой Антоний тяготился людской похвалой. 

В то время в обители не стало иеромонаха. Преподобный Пахомий и вся братия просили Антония принять на себя сан священства. Уступая их просьбам, он отправился в Новгород к архиепископу и принял от него священный сан. Возвратившись в обитель, подвижник начал вести еще более строгую жизнь.