Оставив видимым образом братию, преподобный не оставил их своей помощью, как и всех призывающих его имя. Много чудес совершилось при его честных мощах. Укажем наиболее замечательные.

 Священник соседнего села Харитон относился с завистью к памяти преподобного Антония и раз с хулою отзывался о нем. После того Харитон внезапно ослеп и скоро понял, что Господь наказывает его за хулу на святого. Тогда он начал раскаиваться в своем прегрешении, усердно молился преподобному и снова прозрел. Благодаря Господа Бога и Его угодника, Харитон поступил после того в Сийский монастырь и здесь подвизался в трудах иноческих.

 При жизни своей прп. Антоний любил писать иконы. Еще и доныне сохраняются святые иконы, писанные его рукою. И по кончине своей он покровительствовал людям, занимавшимся этим богоугодным делом. Так, игумен Сийского монастыря Питирим, заботившийся о благоукрашении обители, много писал новых икон и поновлял старые. 

Однажды Питирим заболел. Недуг его все усиливался, и ему стала грозить смерть. Больной молился Живоначальной Троице и прп. Антонию. И вот раз ночью, забывшись легким сном, он увидел, что от гробницы преподобного в его келлию идет благолепный старец, украшенный сединами. «Хочешь ли ты быть здоров и окончить начатое?» — спросил он у Питирима. «Хочу, но не могу», — отвечал болящий. На это старец сказал: «Святая Троица исцеляет тебя, не ослабевай в твоем деле; я, настоятель Антоний, пришел посетить тебя в болезни». Чудотворец коснулся больного игумена. Питирим почувствовал себя здоровым и с новым рвением стал заниматься иконописанием и украшением храмов обители.

 Купец из Холмогор, по имени Карп, плыл по морю с Терского берега, с реки Варзуги. На ладье его среди других товаров был запас рыбы для Сийского монастыря. Поднялась сильная буря, волны вздымались, как горы, и захлестывали ладью. Гребцы уже совсем отчаялись в спасении. Вдруг Карп увидал недалеко от себя старца, который распростер свою мантию над лодкой и охранял ее от волн. «Ты призываешь многих на помощь, — сказал изумленному дивный старец, — а меня не зовешь. Между тем в ладье твоей есть часть и нашего монастыря. Но Бог дарует тишину». «Кто ты, человек Божий?» — спросил купец. «Я Антоний, начальник обители на Михайлове озере, на реке Сии», — сказал старец и стал невидим. С этого времени буря стала стихать и подул попутный ветер. Прибыв благополучно в Сийскую обитель, Карп возблагодарил за свое спасение прп. Антония и вскоре принял иноческое пострижение в его обители.

 Тимофей, по прозванию Рябок, живший в десяти поприщах от обители, ослеп и ничего не видел два года. Наступил праздник Живоначальной Троицы; в Сийскую обитель шли богомольцы. Слепой слышал это движение и горько плакал о том, что не может идти с богобоязненными людьми. Горячо молясь Пресвятой Троице и преподобному, Тимофей попросил свести себя в обитель и всю дорогу продолжал мысленную молитву. Вдруг он почувствовал, что начинает видеть как бы некую слабую зарю; потом начало зеленеть в его глазах: это он видел лес, которым шел. 

Обрадованный Тимофей боялся поверить своему исцелению и ничего не сказал спутникам. Желая испытать свои глаза, он начал всматриваться в дорогу, которой шел, и разобрал тропу. Сердце его наполнилось радостью и восторгом, но он утерпел и все еще не говорил о своем исцелении. Придя в храм обители, Тимофей увидел чудотворный образ Живоначальной Троицы и другие иконы, увидел горящие свечи и тогда 

во всеуслышание возблагодарил Господа и Его ученика за свое чудное исцеление.

 Много и других чудес происходило по молитвам сего великого угодника Божия во славу Пресвятой Троицы.

 Многочисленные чудеса, совершавшиеся при гробе прп. Антония, побудили братию Сийского монастыря при упомянутом игумене Питириме хлопотать перед царем Иоанном Васильевичем Грозном о причтении преподобного к лику святых. Это и было совершено спустя 23 года после кончины преподобного, в 1579 году: прп. Антоний причтен был к лику святых, чтимых всей Русской Церковью.