В монастыре была больница. В свободное от богослужение время прп. Антоний ухаживал за больными: сам готовил для них воду, омывал болящих, стирал их одежды, ободрял и утешал свои словом. Так он подготавливал себя к будущим подвигам. Любя уединение, преподобный просил Пахомия благословить его на этот подвиг. И Пахомий благословил его, видя его добродетели и труды.
Преподобный отправился искать себе пустынное место для подвигов. Его сопровождали два благочестивых инока Кенской обители Александр и Иоаким. Из Кенской обители прп. Антоний со спутниками своими поплыл по реке Онеге до речки Шелексны. Поднимаясь по течению этой реки лесами и непроходимыми дебрями, иноки пришли на реку Емцу, в которую Шелексна впадает, к порогу, называемому Темная Стремнина.
Место это понравилось отшельникам, они поставили здесь хижину, а через несколько времени построили небольшой храм во имя святителя и чудотворца Николая и келлии. К трем подвижникам присоединилось еще четверо иноков: Исаия, Елисей, Александр и Иона. Место, избранное преподобным Антонием, было покрыто густым лесом и расположено вдали от человеческих жилищ. Безмолвие тихой пустыни нарушалось только горячими молитвами иноков да пением птиц. Сурова была природа, суровы были и подвиги иноков.
Только Господу Богу и самим подвижникам было известно, сколько лишений они претерпели в это время. Семь лет провел святой Антоний со своими сожителями, постоянно молясь и трудясь. Но враг рода человеческого не мог больше сносить их благочестия. Он внушил жителям соседней деревни Скороботовой мысль, что с основанием обители земля их будет взята у них преподобным. Жители восстали против отшельников и изгнали их. Преподобный Антоний кротко удалился со своими учениками из того места и направился еще дальше на север. Снова начались странствования иноков по лесам и болотам.