Через 12 лет после кончины преподобного митрополит Макарий повелевает игумену Иродиону написать житие преподобного, а еще через два года Александр Свирский канонизируется на Соборе 1547 года, т. е. всего через 14 лет после кончины. Святитель Макарий, таким образом, принадлежал одновременно и к числу тех, кто канонизовал преподобного Александра, и к числу тех, с кем он был лично знаком. В Покровском же соборе (храм Василия Блаженного) устроен был и первый храм в честь преподобного, освященный святителем Макарием в 1560 году. 

С именем преподобного Александра и святителя Макария связана одна повесть, поведанная игуменом Иродионом — автором жития преподобного Александра. «В одну ночь, когда я, смиренный Иродион, стоял в келлии своей за обычным своим правилом, то в убогой молитве моей задремал и прилег на постели моей, полежать, и уснул. 

И вот явился внезапно в окне келлии свет сильно светящий. Я же, вскочив, наклонился к окну, желая увидеть, что там, и увидел свет некий весьма светящий по всему монастырю, а от церкви Покрова Пресвятой Богородицы увидел, преподобного отца Александра, идущего, по монастырю вокруг церкви Святой Троицы, а в руках несущего Животворящий Крест Господень; перед ним же шли отроки, в белую одежду облаченные, а в руках несшие горящие свечи. И вот слышу преподобного отца Александра, тихим голосом говорящего: “Макарий, иди следом за мной, и я покажу тебе место на воротах монастыря, на нем я хочу, чтобы воздвигнута была церковь Николая Мирликийского чудотворца”. 

Я же внимательно слушал голос тот, и вот вижу: два мужа, зело светолепно вслед святому идущих, и ведут коня, запряженного в сани, а в них, сидящего Макария, митрополита Московского (тот, что раньше был архиепископом Великого Новгорода, и знаком был тогда преподобному), а в руках своих держащего образ святого Николая Чудотворца, а око его правое было закрыто. Я же, все это увидев, страха и радости исполнился, выбежал быстро из келлии и как только догнал митрополита Макария, поклонился ему и спросил его, говоря: “О, святой владыко, поведай мне, почему у тебя закрылось правое око?” Он же, ответив, сказал мне: “Чадо, грехов моих ради сие сотворил мне Бог”. И услышал опять преподобного Александра, зовущего к себе митрополита, который скоро двинулся вослед преподобного. Когда же преподобный подошел ко дверям Троицкой церкви и назнаменовал ее честным крестом, тотчас отверзлись двери и вошли они оба в церковь; и опять затворились двери церковные, и уже более не были видимы».