На Соборе не утаилось, кто истинный виновник смуты, открылся ложный донос епископа Андрея, и доносчик был посрамлен и унижен перед всеми. Но кроткий первосвятитель земли Русской не желал унижения своего врага. Он обратился к нему со словом всепрощения и утешения: «Мир тебе, чадо о Христе! Не ты, но исконный завистник рода человеческого диавол возбудил эту брань. Берегись впредь, чтобы не было с тобой худшего. Прошедшее же Бог простит». Преподав наставление духовенству и мирским участникам Собора, святой Петр закрыл его.

 Вскоре после Переяславского Собора великий князь Михаил Ярославич Тверской жаловался на святого Петра патриарху Константинопольскому Нифонту, обвиняя святителя в том, что он дозволяет браки в незаконных степенях родства и что берет мзду с поставленных на священные степени. Но эта жалоба не имела успеха может быть от того, что обвинения были ложны, а может быть и потому, что патриарх Нифонт не успел произвести расследования, так как скоро лишен был престола.

 В трудное время правил Русской Церковью митрополит Петр — во время монгольского владычества над Русью и княжеских усобиц. И святителю приходилось ездить в Орду, чтобы умилостивлять грозного хана и мирить враждующих князей.

 В 1313 году святой Петр по распоряжению хана Узбека, который только что вступил на престол, предпринял далекое путешествие в Орду вместе с великим князем Михаилом Ярославичем — жаловаться хану на обиды, чинимые Церкви лукавыми людьми, и ходатайствовал пред ним о даровании покровительства Русской Церкви и духовенству. С великой честью принял грозный хан смиренного святителя, не стал удерживать его долго в Орде и с честью отпустил на Русь, приказав выдать ему весьма милостивую грамоту, в которой ограждались неприкосновенность православной веры, имущество и права Церкви и духовенства на Русской земле.