Через некоторое время прп. Антоний отошел в другое уединенное место за пять поприщ от прежнего, на озеро Падун, и, поставив там себе келлию, предался молитвенным подвигам. Это место было окружено горами; на горах рос такой высокий лес, что снизу казалось — он достигает до небес. Келлия преподобного приютилась у подножия этих гор и как бы обсажена была кругом двенадцатью белыми березами.
Печальна была эта вторая пустыня преподобного, она располагала к богомыслию и молитве. Подвижник сколотил из бревен плот и с него удил рыбу на озере для пропитания. Во время уженья он обнажал голову и плечи на съедение комарам и оводам: насекомые слетались роями, покрывали его тело, кровь струилась по шее и плечам, а подвижник стоял неподвижно. Так прожил преподобный два года вне своей обители, в обеих пустынях.
Между тем Феогност отказался от игуменства. Братия просили преподобного, чтобы он снова принял игуменство. «Отче, не оставь нас, чад своих, — говорили со слезами братия. — Иди в обитель свою и пребывай с нами. Если же не придешь, мы все разойдемся, как овцы, не имеющие пастыря». Прп. Антоний склонился на их просьбу. Снова начал управлять обителью, подавая всем пример благочестивой и подвижнической жизни. От старости он не имел уже сил исполнять тяжелые работы, но не усыпал в молитве, не ослабевал в посте.
Тогда проявился у прп. Антония дар чудотворений — награда святой его жизни.
Перед самым праздником Преображения иноки целую ночь трудились на рыбной ловле, но ничего не поймали. Печальные пришли они в монастырь, но преподобный, ободрив их, снова послал на озеро, к Красному мысу, говоря: «Чада, окажите послушание и узрите славу Божию, ибо Господь милостив: Живоначальная Троица не забудет ваших трудов и не оставит братий ваших, верно служащих Господу, на этом святом месте алчущими в великий праздник».
Иноки отправились на указанное место, закинули сеть и поймали такое количество рыбы, что долгое время питались ею и после того праздника.
От суровых подвигов и от старости тело прп. Антония высохло и ослабло, весь он сгорбился, не мог сам ходить, так что водили его братия. Но он не прекратил своих подвигов и сидя исполнял молитвенное правило.