После возведения в сан митрополита одним из первых желаний святителя Макария было посетить места своего иноческого пострига, первых, еще юных трудов на благо Церкви и место своего игуменства — Можайский Лужецкий монастырь. Много лет прошло со времени его прихода в клир церковный, и теперь, когда святитель Макарий приехал в свою обитель (1544 г.), это был уже убеленный годами и опытом владыка, архипастырь своего великого Московского государства.

 Когда в 1547 году в России воцарился первый русский царь, то Промыслом Божиим было уготовано венчать его на царство митрополиту Макарию. Впервые это делал митрополит, ибо ранее венчание на царство в Греческой Церкви совершал первоиерарх в сане патриарха. 

 Вскоре царь Иоанн Васильевич собирается в поход против Казани. Святителю Макарию было чудесным образом открыто о грядущей победе царя, благословляя которого, святитель предрек Иоанну Васильевичу о грядущей победе в брани. По возвращении из похода в Москве был построен и освящен святителем Макарием собор Покрова на Рву (собор Василия Блаженного). Он был воздвигнут как благодарность Богу от русского народа, одержавшего победу над нехристианским миром.

 В Покровском соборе святителем Макарием был устроен и освящен придел в честь Входа Господня в Иерусалим. С этого времени митрополит Макарий стал совершать в неделю ваий торжественное шествие на осляти с выходом за стены Кремля на Красную площадь. После казанской победы Русская Церковь приобрела новую обширную епархию. Встречая царя из похода, митрополит радуется о победе, «ибо казанцы всегда неповинно проливают кровь христианскую и оскверняют и разоряют святые Божии церкви, православных христиан в плен расхищая и рассеивая по всему лицу земли».

 Теперь забота святителя охватывает всех людей обширного Русского государства. Так, когда случились бедствия в новооснованном городе Свияжске, митрополит на вопрос царя, как помочь беде, отвечает: «Не скорби, царь, но уповай на Бога. Да принесутся мощи всех святых в церковь соборную, да совершится над ними служба и освятится сливанием с них вода, да пошлется тобою, государем, по нашему смирению через священников на Свиягу к Пречистой, честнаго Ея Рождества церкви и по всем церквам, да также молебные службы пусть освятят город крестным обхождением и водами святыми, и всех людей осенят крестом и водою окропят, да утолит Христос молитвами святых Его праведный Свой гнев. А к живущим в городе послать поучение, чтобы, если в чем согрешили как человецы, вскоре удалились от злоб своих; так и царю и всем нам подобает по заповедям Христовым быть, да не прогневаем Владыки своего, ибо страшно есть впасть в руки Бога Живаго». Освященную таким образом воду послали в 1552 году в Свияжск, где вскоре болезнь прекратилась. Так же освящает воду святитель Макарий и в 1558 году, отсылая ее в Новгород по случаю наступившего там голода.